Juan Manuel Vargas debutó en el fútbol profesional con la camiseta de Universitario de Deportes, en noviembre de 2002, durante un encuentro contra Cienciano. Ese día, el ‘Loco’ le marcó a los cuzqueños un golazo desde fuera del área.
Luego de tres temporadas con la camiseta crema, el jugador nacional fue cedido a Colón de Argentina. En este equipo, Vargas desarrolló la valiosa habilidad de marcar goles de tiro libre.
El traspaso de Vargas al fútbol argentino le sirvió para ser convocado a la selección nacional. Su debut oficial se dio el 13 de octubre de 2004, en un amistoso contra Paraguay.
El ‘Loco’ estuvo un año y medio en el equipo argentino y luego emigró al fútbol italiano. El primer equipo que decidió contratarlo fue el Calcio Catania.
Según Transfermarkt.es, el Catania llegó a pagar más de 400 mil dólares por la carta pase de Juan Manuel Vargas.
La producción del volante nacional en el Catania fue muy positiva: llegó a disputar 73 encuentros y marcó un total de 6 goles.
Después de esta buena experiencia, el destino de Vargas siguió en Italia pero con otros colores. Los servicios del peruano fueron requeridos por la Fiorentina, en donde llegó a jugar 4 años.
Transfermarkt.es sostiene que la ‘Fiori’ llegó a pagar más de 12 millones de dólares por la carta pase de este jugador. Según esta web, este ha sido el precio más alto que un equipo pagó por el peruano.
Las marcas que dejó el ‘Loco’ la primera vez que estuvo en la Fiorentina son las más altas en su carrera: estuvo presente en 126 partidos y anotó 15 veces.
Después de la Fiorentina, Vargas siguió su carrera en el Genoa. Defendió los colores de este cuadro en solo 20 partidos y no pudo anotar un solo gol.
A falta de oportunidades y continuidad, dejó Genoa y decidió regresar a la Fiorentina. Esta vez, se lució y en 60 partidos pudo anotar hasta en 10 oportunidades.
En vista que Vargas fue uno de los jugadores más importantes que tuvo Perú en la Copa América, el Real Betis de España decidió llevárselo a sus filas.
Transfermarkt.es sostiene que fue adquirido por más de 2 millones y medio de dólares.
Es importante señalar que el lateral nacional ya ha jugado 59 partidos con la selección nacional, incluyendo amistosos. Hasta el momento, ha marcado hasta en 4 oportunidades.